У пациентов, получавших лечение антибиотиками при госпитализации, наблюдалось дальнейшее истощение видов бактерий, особенно симбионтов, полезных для иммунитета хозяина. Такие изменения в микробном «пейзаже» кишечника сохранялись в течение всего срока болезни COVID-19 и даже в течение нескольких месяцев после устранения SARS-CoV-2 из дыхательных путей. В пособии изложены современные данные о связи кишечной микробиоты с повышенным риском инфицированности COVID-19, тяжестью течения заболевания. Особое внимание уделено видовым изменениям состава кишечной микробиоты у пациентов с COVID-19, оси «кишечная микробиота - легкие», роли синдрома избыточного бактериального роста в кишечнике, микробных метаболитов в патогенезе легочных и вне-легочных симптомов COVID-19.